Se funda el 8 de marzo de 1955, en el entonces Instituto Laboral Marqués de Comares como Cofradía de estudiantes, aceptándose el ofrecimiento del párroco de San Mateo del Crucificado que procedente de la desaparecida Escuela de Cristo, se veneraba en aquella Capilla hasta que en 1933 pasó a San Mateo. En la medianoche del Jueves Santo de 1955 hizo su primer desfile procesional, siendo trasladado al miércoles en 1964. Para volver en 1990 a la madrugada del Jueves. En los años 1969 y 1970 acompañó a esta congregación la Hermandad de Tambores Enlutados de Baena, lo que impulsó a crear una Hermandad similar adscrita a la Cofradía. Hoy día tanto la hermandad de tambores enlutados como la cofradía se encuentran fusionadas. El Crucificado es del s. XVII y autor anónimo, posee corona de espina y potencias doradas, cruz cuadrangular de color negro con INRI en metal dorado. Se procesiona en trono de estilo neobarroco tallado en madera por D. José Ropero y dorado por D. Cristóbal Cubero. En el se pueden admirar cartelas con las estaciones del Vía Crucis, obra de los "Orfebres Angulo" y policromado también por D. Cristóbal Cubero. La última fase de elaboración del trono finalizó a principios de 1995 y 1996 por D. José M. Ropero Jiménez.

Su estilo castellano y el recogimiento y austeridad son características predominantes de sus estaciones penitenciales.