Ya en julio de 1505 Alonso Garci, jurado, ante el Escribano público Pedro de Alcántara, mandaba a esta iglesia cinco maravedíes, en tanto que el 1 de Octubre de 1504, el Papa Julio II en bula "Ex injuncto Nobis" se hace eco de los seis beneficios perpetuos con que el Comendador pretendía dotarla.

Templo exento en la antigüedad como lo testimonia una puerta adintelada, hoy tapiada en la nave del Evangelio, fue hasta su constitución en parroquia en 1891, iglesia auxiliar de la parroquia de San Mateo. El mudejarismo de su estilo quedó completamente enmascarado con las grandes reformas que sufrió su estructura, bastante resentido a causa del gran terremoto de 1755. De este modo, se eliminó a finales del siglo XVIII el campanario, probablemente una espadaña, que se alzaba en el vértice de la fachada, para levantar la airosa espadaña angular que hoy ostenta, adosada al muro de la nave de la epístola, a la altura de la cabecera del templo. Igualmente, se realizaron obras en esta nave, probablemente hundida por el seísmo, de lo que da fe una fecha inscripta en uno de sus sillares: 1758. Al mismo tiempo que se elevaron las naves laterales, los arcos apuntados que en tandas de cinco las separan fueron rebajados para convertirlos en medios puntos, al tiempo que se ocultaba el artesonado con una bóveda de cañón con lunetos cuyo peso modificó, como puede verse en la actualidad, la verticalidad de algunas de las columnas.