El río Lucena sería el tercero en importancia, al Norte del término, uno de cuyos afluentes, el arroyo Rigüelo, drena a la Ciudad; también cruza al término por el Norte de Este a Oeste y desemboca junto al Anzur en el embalse de Cordobilla.

Lucena se integra en el importantísimo complejo lagunar del Sur de Córdoba con las lagunas Amargas y los Jarales como reservas integrales y las lagunas semidesecadas Dulce, Vadohondo y Taraje, todas ellas catalogadas. La unidad se completa con el embalse del Malpasillo como zona húmeda transformada.

La red de espacios naturales del territorio de Lucena se configura definitivamente con las colas del embalse de Cordobilla y el propio río Genil como complejos ribereños de interés ambiental, y por último, como elemento geográfico de gran interés, el complejo serrano de la Sierra de Araceli, al sur del propio municipio de Lucena.